早期，證券以實物形式存在，證券交易需要將實物證券在交易雙方之間進行轉移、交付和登記。隨著市場發展和交易量的不斷提升，大量實物證券的轉移無法及時處理。為提高效率，投資者將實物證券交付給證券公司保管（稱為“證券托管”），證券公司再把客戶交付的證券連同自有證券交付給中央證券存管機構（CSD）集中保管（稱為“證券存管”）。中央證券存管機構通過電子簿記形式記錄證券的權屬及變動，實現了“非移動化”，提升了證券市場的效率和安全性。

境內證券市場建立初期，短時間內即實現了實物證券向證券無紙化的過渡。目前，境內證券市場采用中央存管、二級托管的模式。證券公司接受投資者委托，代其保管證券，并提供代收紅利等權益維護服務。中國結算作為中央證券存管機構，向證券公司提供證券存管服務，受托集中保管證券公司交存的客戶證券和自有證券，并提供權益維護服務，具體包括：通過簿記系統維護證券公司交存的客戶證券和自有證券余額、提供查詢和代收紅利等服務，記錄證券公司和客戶的托管關系的產生、變更和終止等。

中國結算在不同市場采用不同的托管模式。上海市場采用“指定交易”模式，投資者須事先指定一家證券公司作為其證券交易的委托人，由該證券公司通過其特定交易單元參與上海市場的證券交易。深圳和北京市場采用“托管券商”模式，投資者可以選擇多家證券公司買賣證券，在某家證券公司買入證券成功后，便與該證券公司自動建立了托管關系。

在深圳和北京市場，已建立托管關系的投資者可以通過證券轉托管業務，將其托管在某一證券公司的證券轉移到另一家證券公司托管，前提是在原證券公司處已履行清算交收責任且不存在違約情況。在上海市場，投資者需在原證券公司申請撤銷指定交易，待指令生效后，投資者可另行選擇證券公司重新辦理指定交易手續。此外，境內證券市場還存在跨市場轉托管業務，包括國債、地方政府債、企業債等債券的跨市場轉托管，以及上市開放式基金（LOF）的跨系統轉托管等。